Сбор осуществляется в домашних условиях, для сбора и транспортировки кала необходимо использовать только стерильный одноразовый контейнер с заборной ложкой.

Следует избегать попадания примесей в испражнения (мочи, выделений из половых органов).

Кал на исследование собирается после естественной дефекации, без резких изменений в режиме питания накануне исследования и приема алкоголя, до инструментальных методов исследования и лечения антимикробными и химиотерапевтическими препаратами, либо не ранее, чем через 10-14 дней после их отмены на чистое подкладное судно (можно использовать чистый полиэтиленовый пакет, чистый лист бумаги, откуда заборной ложкой переносится в стерильный контейнер).

Перед сбором кала на дисбактериоз необходимо за три дня исключить употребление в пищу продуктов питания и препаратов, содержащих бифидо- и лактобактерии (обогащенные молочные продукты, йогурты и т.п.)